VISI P3M adalah terwujudnya kehidupan yang sejahtera, adil, demokratis serta menghargai kebhinekaan, di kalangan masyarakat Islam terutama di pedesaan dan perkampungan kota sebagai jangkar kemajuan bangsa dan negara Republik Indonesia yang maju, bersatu dan bermartabat.
MISI P3M, pertama, mengembangkan pengertian dan pemahaman keagamaan dalam bidang sosial kemasyarakatan sebagai basis etika dan moral yang mampu mendorong dinamika dan kemajuan umat dan bangsa.
Kedua, mendorong terjadinya proses perubahan sosial (social transformation) berbasis pada kesadaran penuh dari warga masyarakat akan hak dan kewajiban masing-masing dalam mewujudkan yang lebih sejahtera dan adil bagi semua, terutama yang lemah.
Tujuan awal didirikannya lembaga ini adalah untuk menangani permasalahan sosial secara langsung mengacu pada realitas sosial bahwa pesantren mempunyai akar kuat di lapisan masyarakat bawah. Selain itu lembaga lembaga ini dibentuk untuk menjembatani adanya kesenjangan kultural dan struktural antara kaum santri dan masyarakat pedesaan. Kelahiran P3M juga dimaksudkan oleh pendirinya sebagai wadah para kyai pengasuh pesantren dan orang-orang yang peduli terhadap peranan pesantren sebagai pusat pengembangan masyarakat, terutama yang tertinggal di wilayah pedesaan.
Atas dasar itu, sebagai sebuah institusi swadaya masyarakat, keberadaan P3M didasarkan pada dua hal. Pertama, tujuan normatif, yakni P3M merupakan suatu forum yang menfasilitasi pergumulan pemikiran dan gagasan bagi kalangan kyai pada satu sisi, dan pusat informasi bagi pemerhati pesantren di sisi lain. Kedua, tujuan praktis, bahwa P3M melakukan usha transformasi sosial dengan pendekatan sosial kultural berdasarkan visi keagamaan melalui peningkatan mutu pendidikan dan kegiatan-kegiatan dakwah bil-hal
Arah kebijakan dari tujuan P3M adalah kebijakan pembangaunan yang mendorong pada otoaktivitas dan kreativitas rakyat guna peningkatan partisipasi aktif dalam pembangunan yang berkelanjutan di negara Indonesia. Dalam konteks ini, P3M ingin mengembangkan secara mutlak sumber daya manusia dengan ciri-ciri: sehat, cerdas, mandiri, ulet, memiliki semangat ikhtiar yang tinggi serta berpegang teguh pada etika dan moral agama yang terpuji (akhlakul karimah).
Dengan tujuan tersebut maka sasaran kegiatan P3M adalah masyarakat pesantren yang secara fungsional dapat dipilah ke dalam tiga kelompok:
Pertama, kyai pengasuh pesantren dan santri yang sedang belajar dengan sistem keyakinan dan pandangan dunianya.
Kedua, kelembagaan pesantren dengan sistem keilmuan dan tradisi belajar mengajarnya.
Ketiga, masyarakat sekitar pesantren sebagai konstituen dengan beragam persoalan sosial-budaya, ekonomi, kesehatan, maupun lingkungannya.